Організація наукової діяльності в Черкаському НДЕКЦ МВС проводиться з проведення науково-дослідних і дослідницько-конструкторських робіт, розроблення та впровадження в судово-експертну практику науково-методичних матеріалів, наукового співробітництва з науково-дослідними та судово-експертними установами, вітчизняними навчальними закладами.

Відповідно до покладених завдань, для проведення спільних науково-дослідних та дослідно-конструкторських робіт протягом останніх 9 років між Черкаським НДЕКЦ МВС та вищими навчальними закладами підписано ряд договорів про науково-методичне співробітництво, в тому числі з Черкаським державним технологічним університетом, Черкаським національним університетом імені Богдана Хмельницького, Уманським національним університетом садівництва, Черкаським інститутом пожежної безпеки імені Героїв Чорнобиля Національного університету цивільного захисту України, Східноєвропейським університетом імені Рауфа Аблязова.

Усвідомлюючи потребу в необхідності впровадження заходів спрямованих на посилення обороноздатності України співпраці в напрямку досягнення високого рівня теоретичних та практичних навичок в галузі випробування та сертифікації зброї, 23 вересня 2024 року між Черкаським НДЕКЦ МВС та Державним науково-дослідним інститутом випробувань і сертифікації озброєння та військової техніки було укладено Меморандум про наукове співробітництво та організацію взаємодії.