Організація наукової діяльності в Черкаському НДЕКЦ МВС проводиться з проведення науково-дослідних і дослідницько- конструкторських робіт, розроблення та впровадження в судово-експертну практику науково-методичних матеріалів, наукового співробітництва з науково-дослідними та судово-експертними установами, вітчизняними навчальними закладами.

Відповідно до покладених завдань, для проведення спільних науково- дослідних та дослідно-конструкторських робіт протягом останніх 7 років між Черкаським НДЕКЦ МВС та вищими навчальними закладами підписано ряд договорів про науково-методичне співробітництво, в тому числі з Черкаським державним технологічним університетом, Черкаським національним університетом імені Богдана Хмельницького, Уманським національним університетом садівництва, Черкаським інститутом пожежної безпеки імені Героїв Чорнобиля Національного університету цивільного захисту України.

Усвідомлюючи потребу в необхідності посилення співпраці в напрямку досягнення високого рівня теоретичних та практичних навичок здобувачів вищої освіти Східноєвропейського університету імені Рауфа Аблязова в галузі права, реалізації політики у сфері освітньої діяльності, 03 березня 2023 року між Черкаським НДЕКЦ МВС та університетом було укладено Меморандум про наукове співробітництво та організацію взаємодії.